最早起源于1859年，初期只开放于西班牙殖民者的后代，后又开放给当地的菲律宾人就读。1965年，新增加一个科系ART(人文科系)，后更名为“Ateneo Municipal de Manila”，有教授音乐及艺术等，增加一些专业技术之课程，例如：农业、商业等。19世纪初，美国政权给Ateneo带来了一些改变。1921年，美国纽约之耶稣教会取代了西班牙耶稣教会在Ateneo的主导权。1932年，校址迁移至Padre Faura. Ermita。1952年，由于海外基金之援助，Ateneo迁移至现今的校园(Loyola Heights. Quezon City)。1959年，获得颁发大学学位资格，而今Ateneo大学不断扩大为包括文科学学院、商学研究所、法学院等多个独立学院在内的综合型大学。除此之外，就如大部分的菲律宾大学一样，拥有高中及小学。菲律宾现任总统格洛丽亚•马卡帕加尔•阿罗约曾经就读该校，并在从政前担任过该校的助理教授。

雅典耀大学是菲律宾四大名校之一。与美国众多高校保持长年的学术交流，在海外享有盛誉。Ateneo的中文翻译名称众多，如：阿特尼奥、阿托雷歐、安德雷尔等。雅典耀是华人或讲华语的传教士普遍使用的名称。

专业设置

学士学位设置（学制：四年）

环境科学管理、文学、生物、化学、通信、文学发展研究、欧洲研究、英语文学、管理、经济学、哲学（Pre-Divinity Track）、社会科学金融学、政治、理学、创作、舞台设计、环境科学、数学、应用数学主修计算机应用、化学电子工程、通信技术管理、计算机工程、电子工程、应用化学管理等

硕士学位设置：

工商管理（MBA）、信息科技（IT）、日本研究、英语文学、菲律宾语文学、哲学、神学教育、哲学科学、传媒、物理、教育学、化学教育、物理教学、经济学硕士、历史学、环境科学 、计算机科学、生物学、生物学教育、数学指导、化学科学、心理学、神学研究、数学等

博士学位设置：

理学、神学、物理学、哲学、数学、经济学等